Datenintegration und -Analyse
Wir bieten Forscherinnen und Forschern eine Plattform, um Ihre gesammelten klinischen Daten zu analysieren und visualisieren, ohne dass hierfür Programmierkenntnisse erforderlich sind.
cBioPortal ist eine translationale Forschungsplattform, welche in der Krebsforschung und der Genomik weltweit verbreitet ist und am Uniklinikum Erlangen u.a. im Molekularen Tumorboard eingesetzt wird.
Entwickelt wurde cBioPortal vom Memorial Sloan Kettering Cancer Center (MSKCC), um die Analyse und Interpretation komplexer genetischer Krebsdaten in Kombination mit klinischen Informationen zu erleichtern. Das Tool bietet aber nicht nur im Bereich der Krebsforschung eine Vielzahl von Visualisierungs- und Analyseoptionen, sondern erleichtert, durch seine einfache Handhabung, den Überblick über klinischen Datensätzen.
cBioPortal bietet viele Vorteile
- Verknüpfung aller gesammelten Daten eines Projektes in einer Datenbank (klinische Daten, Laborwerte, Expressionsdaten, Mutationsdaten etc.)
- Schnelle und einfache Kohorten Suche
- Sofortige Visualisierung aller klinischen Daten in einem Dashboard
- Einfache Analysen mit Angabe von P-Value und Q-Value
- Darstellung von Patientenverläufen in Timelines
- Verknüpfung von Mutations- und/oder Expressionsdaten mit klinischen Daten (wenn vorhanden)
Zusätzlich zu dem öffentlich verfügbaren cBioPortal , welches eine Vielzahl von öffentlichen Datensätzen aus TCGA- und anderen groß angelegten Genomstudien beherbergt, wird die Software auch lokal am Uniklinikum Erlangen eingesetzt.
Vorteile der lokalen Anwendung
- die Daten befinden sich im gesicherten Klinikumsnetzwerk, so dass Daten mit Patientenbezug integriert und analysiert werden können
- Mandantenabhängigkeit wird garantiert
- Datensätze können zwischen unterschiedlichen Abteilungen innerhalb des Uniklinikums Erlangen geteilt werden (wenn gewünscht)
Datenintegrations Service
- eine einstündige Erstberatung und ein Projektplanungsgespräch, damit wir die spezifischen Projektanforderungen verstehen, einen Zeitplan für das Projekt aufstellen und die Kosten abschätzen können
- Prüfung ihrer Datensätze auf die Anwendbarkeit in cBioPortal
- eine individuelle Datenbereinigung, -aufarbeitung und -integration in cBioPortal (in enger Zusammenarbeit und auf die Anforderungen der benötigten Analysen angepasst) mittels Python-Skripten
- Unterstützung zur Datenanreicherung (z.B. Labordaten) in enger Zusammenarbeit mit dem Datenintegrationszentum (DIZ)
- regelmäßige Updates ihrer Daten in cBioPortal
- individuelle Schulung für den Umgang mit cBioPortal
Kosten
Die Kosten für die Aufarbeitung und Integration ihrer Daten basieren auf den erforderlichen Computerressourcen und dem Personalaufwand, welche wiederum von der Art der Daten und der Datenqualität abhängig sind. Als Berechnungsgrundlage wird der MIK-übliche Tagessatz angesetzt, welcher derzeit 400 EUR pro Personentag beträgt.
Generierung von Rohdaten
Beachten Sie, dass unsere Dienstleistungen keine Rohdatenerfassung umfasst.
Datenimport in cBioPortal
Beachten Sie, dass Aufgrund des Datenschutzgesetzes der Import ihrer Daten in cBioPortal ausschließlich durch Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter der CUBiDA durchgeführt werden kann.
Für ein projektspezifisches Angebot setzen Sie sich bitte mit uns in Verbindung.