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CUBiDA
Kompetenzen und Ressourcen

Kompetenzen und Ressourcen am Universitätsklinikum Erlangen und der Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg

Auf dieser Seite entsteht eine Übersicht über mögliche Kooperationspartner für Ihre Projekte im Bereich der Bioinformatik, Datenintegration und -analyse.
Wenn auch Sie in diesen Bereichen tätig sind, dann senden Sie uns diesen Streckbrief unter mik-cubida(at)uk-erlangen.de, wir nehmen Sie gerne auf.

Einrichtung

Ansprechpartner

Kerngebiete

Kurzbeschreibung

Datenintegrationszentrum (DIZ)Dr. Detlef Kraska
Telefon: 09131/85-49444
Email: diz(at)uk-erlangen.de
 
  • Datenintegration
 
Das Team des Datenintegrationszentrums berät Sie, wie Sie die Strukturen des DIZ effektiv für Ihr Forschungsvorhaben nutzen können. Unser Dienstleistungsspektrum umfasst die Lieferung von Daten aus der Routineversorgung, die Beratung bei Fragen zum Forschungsdatenmanagement und die Bereitstellung von IT-Infrastruktur für Ihr Projekt. Das Datenintegrationszentrum nutzt eine Vielzahl von Systemen und Tools, um Daten aufzubereiten, zu speichern und bereitzustellen (beispielsweise i2b2, tranSMART, OHDSI/OMOP, XNAT oder REDCap).
Core Unit Next Generation Sequencing (NGS) der Medizinischen Fakultät / Humangenetisches InstitutDr. Arif Ekici
Telefon: 09131/85-44635
Email: Arif.Ekici(at)uk-erlangen.de
 
  • Genomics

  • Transcriptomics

  • Sytembiologie

  • Statistische Datenanalyse

  • Datenintegration

 
Wir bieten Analysen mittels NGS für Projekte aus dem UKER, den Instituten und Departments der FAU, aber auch für externe Forschungs-Kooperationspartner. Die Methoden umfassen eine große Bandbreite verschiedener genomweite Analysen: whole transcriptome-, whole methylome-, ChIP- und ATAC-sequencing. Ebenso haben wir die Möglichkeit der Transkriptom-Analyse auf Einzelzellebene, die wir auf der Chromium-Plattform der Firma 10xGenomics durchführen (single cell-RNASeq). Unser Beitrag an den Projekten umfasst dabei die Beratung bei der Projektplanung, die Unterstützung bei der Beantragung von Fördermitteln, die Qualitätskontrolle nach Übernahme des zu analysierenden Materials, je nach Fragestellung verschiedene Anreicherungs- bzw. Abreicherungsmethoden, Präparation der Sequenzierbibliotheken und die Sequenzierung dieser Bibliotheken. Die Daten-Auswertung führen wir in enger Absprache mit dem Nutzer/den Kooperationspartnern durch. Für die NGS-Methoden können wir auf die Plattform der Firma Illumina zurückgreifen. Wir verfügen über umfangreiche Erfahrung in der Durchführung und der bioinformatischen Auswertung solcher Experimente und haben hierzu robuste und zuverlässige Verfahren entwickelt und angewandt. Die Abrechnung erfolgt per Sample entsprechend der Preisliste auf der Fakultätswebseite.
Medizinische Klinik 1 AG Angeborene Mechanismen der OrganentzündungPD Dr. Stefan Wirtz
Telefon: 09131/85-35882
Email: stefan.wirtz(at)uk-erlangen.de
 
  • NGS- basierte Mikrobiomanalysen
 

Wir offerieren Kooperationsmöglichkeiten zur Durchführung markergenbasierter Mikrobiom- und Mykobiomanalysen an (16S (V4, V4-V5, V3-V4, ITS1-ITS2). Dafür steht im Institut ein Illumina Miseq zur Verfügung. Zudem existiert ein Minion System von Oxford Nanopore, welches zahlreiche Möglichkeiten zur flexiblen und schnellen Sequenzierung langer Nukleinsäurefragmente (z.B. fulllength 16S) ermöglicht. Zur bioinformatischen Auswertung sind verschiedene linuxbasierte Analysepipelines (Usearch 64bit, Qiime2) etabliert. 

Nephropathologische Abteilung, Pathologisches InstitutDr. Fulvia Ferrazzi
Telefon:
09131/85-43677
Email: fulvia.ferrazzi(at)uk-erlangen.de
 
  • Genomics

  • Transcriptomics

  • Bioinformatische Analysen von funktionellen

  • Maschinelles Lernen und Data Mining

  • Systembiologie

  • Computergestützte Pathologie

 
Wir arbeiten an der Entwicklung von Methoden für die Analyse funktioneller Genomikdaten mit dem Ziel, die Transkriptionsregulation in Entwicklung und Krankheit zu entschlüsseln. Wir haben neue Ansätze für das Clustering und Reverse Engineering von genregulatorischen Netzwerken sowie für die Meta-Analyse von Signalwegen entwickelt. Ein weiteres Ziel unserer Gruppe ist die Entwicklung von Machine-Learning-Strategien, die digitalisierte histopathologische Bilder sowie Daten auf molekularer Ebene nutzen, um die Stratifizierung und Behandlung von Patienten mit Urothelkarzinomen zu verbessern.

Lehrstuhl für Medizinische Informatik

Dr. Meik Kunz
Telefon: 09131/85-67784
Email: meik.kunz(at)fau.de

 
  • Integrative und komparative Multi-Omics-Analyse

  • Maschinelles Lernen (Predictive Modeling, Disease Modeling, Cell typing)

  • ncRNA-Bioinformatik

  • Bioinformatik für (Auto)immun- und Fibrose-Erkrankungen

 

Unsere Forschungsschwerpunkte liegen in den Bereichen der Integration und bioinformatischen Analyse von Omics-Daten, dem Maschinellen Lernen und der Modellierung von biologischen Systemen. Neben der Datenanalyse entwickeln wir individuelle Methoden, Algorithmen und Analyse-Tools, insbesondere für Projekt-spezifische Fragestellungen. Wir interessieren uns für Kooperationen und Forschungsverbünde, Publikationen und Projektanträge.

Dermatologie, Systeme Tumor-Immunologie Labor

Prof. Dr. Julio Vera-Gonźalez
Telefon: 09131/85-45876
Email: julio.vera-gonzalez(at)uk-erlangen.de

 
  • Immunoinformatik

  • Netzwerkbiologie

  • Multi-Level-Computermodell

 

Wir sind ein multidisziplinäres Team, bestehend aus Bioinformatikern, Physikern, Informatikern und Molekularbiologen. Unsere Expertise liegt in den Bereichen Immunoinformatik, Bioinformatik, Netzwerkbiologie und Multi-Level-Computermodell. Wir wenden multikriterielle Entscheidungsalgorithmen auf die Biomedizin an. Wir interessieren uns für die RNA-Regulation und deren Einfluss auf die Therapie. In unseren Vorhaben arbeiten wir mit Experimentatoren, klinischen Onkologen und Immunologen zusammen

 

Mikrobiologisches Institut – Klinische Mikrobiologie, Immunologie und Hygiene

Dr. Roman Gerlach
Telefon:  09131/85-46915
Email:  roman.gerlach(at)uk-erlangen.de

 
  • Mikrobiomanalysen

  • mikrobielle Genomik

 

Wir bieten Kooperationsmöglichkeiten im Bereich Mikrobiomanalysen und mikrobieller Genomik. Das Institut verfügt über einen Illumina MiSeq zur Sequenzierung verschiedener Bereiche des 16S rRNA-Gens, der ITS2-Region sowie kleinerer Genome. Die bioinformatische Auswertung der Daten erfolgt in enger Absprache mit dem Kooperationspartner und umfasst u.a. die Charakterisierung der Mikrobiota (Diversität, Korrelationen, An- und Abreicherung von OTUs), Genom-Rekonstruktion, Genom-basierte Verwandtschaftsbestimmung von Stämmen und bakterielle RNA-seq-Analysen. Die Finanzierung der Projekte kann flexibel in Abhängigkeit von der konkreten Kooperation erfolgen.

Frauenklinik
Brustzentrum

Prof. Dr. Fasching
Email: peter.fasching@uk-erlangen.de

 

in Arbeit